影之刃3的故事围绕武林禁术杀气改造展开，这是一个通过机关术改造人体获取强大力量却会丧失理智的邪恶技术。游戏采用章回体叙事结构，通过看似独立实则相互关联的剧情章节，逐步揭开一个充满阴谋与背叛的黑暗江湖。主线剧情从主角调查南武林连环凶案开始，逐渐牵扯出神秘组织十一人阁与蜃楼的阴谋，以及他们利用杀气改造技术操控武林的计划。剧情中大量运用古龙式冷峻对白和舞台剧风格的叙事手法，塑造出一个蒸汽朋克与武侠融合的架空世界。
游戏通过多视角展开剧情，主要角色包括组织成员魂、左殇、沐小葵等，他们各自背负着不同的使命与秘密。剧情中重要转折点包括剑玄被俘改造、银月变身骑行形态等关键战斗，这些事件推动着故事向更复杂的阴谋发展。支线任务如山河之志和奇戒双生不仅提供装备奖励，还通过独立小故事补充世界观细节，例如唐门叛徒唐礼因扭曲爱情接受改造的悲剧，以及红叶寺地下隐藏的恐怖秘密。
剧情时间线跨越数十年，从组织创立初期剿灭暗魔天堡，到后来与蜃楼的全面冲突。重要历史事件如天岭峰惨案、落城陷落等通过碎片化叙事逐步揭示。角色间复杂关系构成剧情重要脉络，如剑玄与左殇、魂的兄弟情谊，沐小葵的身世之谜，这些个人命运与武林大势相互交织。游戏后期采用开放式任务结构，玩家可自由选择调查不同江湖事件，最终拼凑出完整真相。
战斗系统与剧情紧密结合，敌人设计反映其背景故事，如怪面棍僧的念佛回血机制对应其僧人身份，琴魔的远程攻击体现其音乐特性。心法系统收录系列前作角色，通过装备组合触发特殊羁绊效果。游戏通过TVB配音阵容增强剧情表现力，战斗动画由专业团队制作，技能演出如沐小葵奥义过场具有强烈视觉冲击力。这种将玩法与叙事深度融合的设计，使玩家在体验高速连招快感的同时，也能深入感受这个黑暗武侠世界的独特魅力。
剧情最终指向武林秩序重建的主题，探讨力量与代价的永恒命题。通过七十余个门派的不同立场，展现武林格局的复杂性。游戏没有简单划分正邪阵营，每个角色都在特定处境下做出选择，这些选择共同构成了这个充满机关术与人性挣扎的江湖绘卷。影之刃3通过精心设计的剧情结构，成功塑造出一个既有传统武侠韵味又充满创新设定的游戏世界。
