过海是游戏流程中不可或缺的关键环节，需要掌握特定的秘传技能和道具才能顺利推进。最基础的过海方式是让宝可梦学习秘传技能冲浪，该技能可以在华蓝市右侧的民宅中从正辉的助手处获得。需冲浪不仅是战斗技能，也是地图移动的重要工具，因此建议将其分配给水系或耐久较高的宝可梦，以确保战斗和探索的稳定性。冲浪技能的使用范围不仅限于海域，还能用于跨越部分河流和湖泊，因此在游戏中期即可提前规划宝可梦的技能搭配。
另一种过海方式是通过特定剧情触发船只航行。在获得枯叶市的船票后，玩家可以乘坐圣安奴号前往七岛地区。船票需要先在正辉的研究所完成任务获得，具体流程为帮助正辉从皮皮形态恢复人类模样后，他会赠送船票作为回报。圣安奴号的航行是单向的，因此需提前规划好行程，避免因遗漏任务而无法返回主线地图。船上还隐藏着多个训练师对战和道具，建议在航行期间全面探索以提升队伍实力。
对于部分被卡比兽阻塞的海路，需使用宝可梦笛子唤醒它。该道具在紫苑镇的宝可梦塔解救富士老人后获得，使用后可将卡比兽唤醒并触发战斗或收服。需卡比兽的阻挡点共有两处，分别位于枯叶市右侧的12号道路和紫苑镇下方的16号道路，这两处都是通往新区域的关键路径。若选择收服卡比兽，其高血量与攻击种族值也能成为队伍中的重要战力。
后期解锁的飞空术可以大幅提升跨海域移动效率。该秘传技能在击败枯叶市道馆馆主马志士后，通过11号道路的地鼠洞穴出口处的研究员处获得。飞空术允许玩家快速返回已访问的城市，尤其适合在七岛任务和主大陆之间切换时使用。但需注意，飞空术无法直接抵达未解锁的城镇，因此仍需依赖冲浪或船只完成初次探索。
